박노철 목사의 안식년이 개시된 2017년 1월 이종윤 원로목사가 대리당회장으로서 당회, 제직회, 공동의회 등을 인도한 행위에 대하여, 2017년 11월 서울강남노회 재판국은 서울교회 안식년규정이 헌법에 위배된다며 이종윤 목사에게 출교판결을 선고하였고, 이에 대한 상고심에서 2019년 9월 10일 제103회기 총회재판국은 위 출교판결이 부당하다며 이를 파기하고 견책을 선고하였으며, 이에 대하여 이종윤 목사는 곧바로 재심청구를 하였는데 제105회기 총회재판국은 지난 12월 15일(화) 관여 재판국원 전원일치로 위 견책판결을 파기하고 무죄를 선고하였다.
판결이유에 따르면, 서울교회 안식년규정은 이미 국가법원에서 1, 2심을 통하여 거듭 적법, 유효함이 확인되어 박노철 목사는 시무 후 6년이 경과한 2017년 안식년에 해당하였고, 안식년 기간 중에는 시무하지 않는 것인데도 원심은 박노철 목사가 계속 시무를 하는 것을 전제로 유죄로 판단하였으므로 이는 중대하고도 명백한 법규적용의 착오라고 판시했다.
또 당시 헌법위원회에서도 서울교회 안식년규정이 교단 헌법에 위배되지 않는다고 통보하여 이종윤 목사는 당시 그 해석의 정당함을 믿고 대리당회장 직무를 행한 것이므로 이 행위에 헌법이나 제 규정에 위배된다는 고의는 물론 위법이라는 인식조차 없었다고 판단했다.
그 밖에도 이종윤 목사는 은퇴 이후 당시까지 교회에 출석조차 하지 않고 있던 중 박노철 목사가 당회장으로서 계속 당회를 거부하며 예산공백사태까지 야기한 시급한 상황에서 원로목사로서 교회의 시급한 상황을 그대로 보고 있을 수만은 없어 다수 당회원들의 청빙에 응하였던 것이고 또 당시 주관한 예, 결산처리는 신년도 예산공백상황을 피하기 위한 긴급조치이었다는 점 등도 참작할 사유라고 판시했다.
결국 이종윤 목사의 대리당회장 직무행위 당시까지의 헌법해석과 법원의 거듭된 안식년규정 관련 본안판결의 취지 등에 비추어 서울교회 안식년제규정이 헌법에 위배된다는 헌법해석 등만을 가지고 견책을 선고한 원심판결은 위법하다는 것이다.
이로써 서울교회 분쟁 발생 이후 앞서 서울강남노회 재판국의 서명철 목사 등 부목사 3명에 대한 정직판결이 파기되고 무죄가 선고된데 이어, 이종윤 원로목사에 대한 출교판결까지 또다시 파기되고 결국 재심을 통해 무죄가 선고된 것은 서울강남노회가 그동안 지교회의 진정한 회복이 아닌, 오직 기쁨조를 자처한 박노철 목사만을 비호하려는 의도 하에 의도적, 자의적 판결만을 일삼아 왔다는 비판을 면치 못하게 되었다.
아울러 주기도문, 사도신경 새번역 및 총회 표준주석 발간 등으로 한국교계는 물론 통합교단 내에서 중요한 역할을 감당하여 온 이종윤 목사를 교단 최고재판국에서 이제라도 바로 잡는 최종판결을 하였다는 점에서 뒤늦었지만 극히 다행스런 결과라 할 것이다.